En primera instancia el área del SAT encargada de realizar las auditorias en materia de comercio exterior es la Administración General de Auditoría de Comercio Exterior (AGACE) que desde 2012 fue creada para asegurarse que las operaciones posteriores al despacho aduanero no se encuentren realizando actividades ilícitas relacionadas con el comercio exterior.

A pesar de que a mediados del año pasado 2019 se habló de la aparente desaparición de esta administración debido al plan de austeridad del nuevo gobierno, a final del mismo año se confirmó que esta seguiría realizando sus funciones.

Entre algunas de sus funciones se encuentra el detectar y alertar el mal uso de los programas de fomento al Comercio Exterior, la incorrecta aplicación de los tratados de libre comercio, productos subvaluados y todo lo que conlleva a una evasión de impuestos, declaraciones incorrectas u omisiones de las importaciones y exportaciones, entre otras actividades ilícitas.

También hay que señalar que existen otras dependencias que pueden realizar auditorías relacionadas al comercio exterior, una de ellas es la Administración General de Aduanas (AGA) la cual puede ejercer sus funciones durante el despacho de mercancías y la Secretaria de Finanzas correspondiente a cada Gobierno del Estado a través de los convenios entre estos y la Federación.